وتعمل وكالة الكلية للدراسات العليا بإدارتها المختلفة (إدارة الدراسات العليا، العلاقات الثقافية، المكتبة، والمجلة العلمية) على تحقيق مجموعة من الأهداف أهمها:

-         تطوير برامج الدراسات العليا، والسعى الدائم لاستحداث برامج جديدة وفقاً لمتطلبات سوق العمل، وجذب الباحثين المتميزين لتطوير إمكانياتهم العلمية من خلال الدراسة في تخصصات الكلية المختلفة، والتي تقدم خدمة تعليمية وبحثية متميزة.

-         إبرام الاتفاقيات الدولية لاستحداث برامج لتبادل الأساتذة والطلاب مثل، برنامج الاقتصاد والقانون مع جامعة هامبورج بألمانيا، وبرنامج الاقتصاد والتنمية مع  جامعة السوربون بفرنسا، إلى جانب العديد من البرامج المحلية الأخرى المتميزة.

-         تقديم المنح  لأعضاء هيئة التدريس، طبقاً لمعايير وضعتها لجنة دعم البحث العلمي  بالكلية. 

-         تشجيع النشر الدولي في مجلات علمية ذات معامل تأثير مرتفع لرفعة شأن الكلية، ولرفع التصنيف العالمي للجامعة.

-         تنظيم دورات الكتابة العلمية بصفة مستمرة لتدريب الباحثين على كتابة الرسائل العلمية بشكل علمي سليم من أجل الارتقاء بمستوى البحث العلمي، يقوم عليها أساتذة متخصصين في كافة مجالات  التخصص بالكلية.